Vào ngày 10 tháng 7, cùng ngày với lời tuyên bố của Jane, một lá thư từ Mary Tudor đã được gửi đến London, nói rằng bà hiện là vương hậu và yêu cầu Hội đồng phải tuân theo.[20] Mary đang tập hợp những người ủng hộ bà ở Đông Anglia; Người ta quyết định ra sân chống lại bà sau một số cuộc thảo luận xem ai sẽ đi, trong đó Jane đảm bảo rằng cha bà sẽ không đi.[21] Công tước xứ Northumberland hành quân đến Cambridge cùng quân đội của mình và trải qua một tuần không có hành động gì cho đến khi ông nghe tin vào ngày 20 tháng 7 rằng Hội đồng ở London đã tuyên bố ủng hộ Mary. Northumberland tự xưng là Mary Tudor ở chợ và bị bắt vào sáng hôm sau.[22] Vào ngày 19 tháng 7, vài giờ trước lễ tuyên bố của Vưong hậu Mary I ở London, lễ rửa tội cho một trong những đứa con của Quý ông Hưu trí đã diễn ra. Jane đã đồng ý làm mẹ đỡ đầu và mong muốn tên đứa trẻ là Guildford.[23] Giám mục của Winchester, Stephen Gardiner, người đã bị giam trong Tháp trong 5 năm, đã vô cùng xúc phạm trước sự thật này khi nghe về nó.[24]

Nhận thức được sự thay đổi ý định của đồng đội, cha của Jane, Công tước xứ Suffolk, từ bỏ quyền chỉ huy pháo đài và tôn xưng Mary I trên Tower Hill gần đó. Sau khi ông rời đi, vợ ông được thông báo rằng bà cũng có thể về nhà,[23] trong khi Jane, Guildford và Nữ công tước xứ Northumberland không được phép làm vậy.[25] Jane sau đó được chuyển từ căn hộ hoàng gia đến chỗ ở của Quý ông Gaoler và Guildford bị giam trong Tháp Chuông. Ở đó, anh trai của ông Robert, đã sớm đựoc đưa vào.[26] Những người anh em còn lại của ông bị giam trong các tòa tháp khác, cũng như cha ông, người nổi bật nhất hiện tại để bị đưa lên đoạn đầu đài; Mary đã sẵn sàng tha mạng cho Jane và Guildford.[27]

Jane và Guildford bị truy tố vào ngày 12 tháng 8,[28] và Jane đã gửi một lá thư giải thích lên Vương hậu, "cầu xin sự tha thứ ... về tội lỗi mà bà ấy bị buộc tội, thông báo cho bệ hạ về sự thật của sự việc."[29] Trong lời kể này, bà tự nhận mình là "người vợ yêu chồng".[30] Vào ngày 13 tháng 11 năm 1553, Jane và Guildford bị xét xử tại Guildhall, cùng với Tổng giám mục Cranmer và các anh trai của Guildford là Ambrose và Henry. Tất cả họ đều bị kết tội phản quốc sau khi nhận tội.[31] Guildford bị kết tội có ý định phế truất Vưong hậu Mary I bằng cách gửi quân tới chỗ Công tước xứ Northumberland cũng như tuyên bố và tôn vinh Jane là nữ hoàng.[32]

Vào tháng 12, Jane được phép đi lại tự do trong Vườn Vưong hậu.[33] Trong khi đó, Lãnh chúa Robert và Lãnh chúa Guildford đành phải bằng lòng với việc chiếm ưu thế trên Tháp Chuông.[34] Jane và Guildford có thể đã có liên lạc với nhau,[35] và một lúc nào đó Guildford đã viết một lời nhắn cho cha vợ mình trong cuốn sách cầu nguyện của Jane:

Đứa con trai yêu thương và vâng lời của bạn cầu chúc cho ân sủng của cha cuộc sống lâu dài trên thế giới này với nhiều niềm vui và sự thoải mái như tôi từng mong ước cho chính mình và trong thế giới sắp tới niềm vui vĩnh cửu. Con trai khiêm tốn của cha cho đến chết, G. Dudley[7]